Франсиско Аяла родился в Гранаде, а в возрасте 18 лет приехал в Мадрид, чтобы учиться праву, философии и литературе. В конце Гражданской войны он эмигрировал из Испании и работал в Южной Америке и США. В 1950-х годах он некоторое время работал куратором переводчиков ООН, а затем преподавал испанскую литературу в нескольких американских университетах, в том числе в Принстонском и Рутгерском. В 1976 году Аяла оставил преподавательскую деятельность, вернулся на постоянное жительство в Испанию и полностью посвятил себя литературе и публицистике, пишет NEWSru.com.
Среди прозаических произведений Аялы известны романы «Зачарованный» (El hechizado, 1944), «Дно стакана» (El fondo del vaso, 1962), сборники рассказов, мемуары «Книги памяти и забвения» (Recuerdos y olvidos, 1982-1983). Кроме того, он является автором литературных переводов, работ по социологии и теории перевода.
В 1991 году Аяла получил Премию Сервантеса, а в 1998 году — литературную премию принца Астурийского.